除菌治療中には、下痢、軟便、味覚異常、腹部の違和感、逆流性食道炎などの副作用がみられることがあります。
多くの場合は軽度で、一時的なものですが、症状が強い場合には医師へ相談することが重要です。

また、ピロリ菌除菌薬の影響で腸内環境が乱れることもあるため、体調の変化に注意しながら治療を進めていくことが重要となります。