明確な単一原因はありませんが、腸の動きの異常や腸が刺激に過敏に反応する状態が関与していると考えられています。また、ストレスや不安などの心理的要因が自律神経を介して腸の働きに影響を与えることが知られています。感染性腸炎の後に発症することもあり、腸内細菌のバランス変化も関係している可能性もあると言われています。そのため、体質と環境要因が複雑に絡み合って発症すると考えられています。