はっきりとした単一の原因は特定されていませんが、自己免疫反応の異常が中心的な役割を果たしていると考えられています。本来は体を守る免疫機能が、自分自身の大腸粘膜を異物と誤認して攻撃してしまうことで、慢性的な炎症が引き起こされます。

さらに、遺伝的背景や腸内細菌叢の変化、食生活の欧米化、感染症の既往などが発症に関与している可能性も示唆されています。

ただし、特定の食べ物や生活習慣だけが直接的な原因となるわけではなく、複数の要因が重なり合って発症すると考えられています。