胃カメラ検査当日は、まず受付後に問診票の記入や問診が行われます。その後、検査室に案内され、麻酔（鼻または喉）や鎮静剤を使ってから検査開始となります。検査自体は5〜10分程度で終了します。鎮静剤を使用した場合は、検査後に1時間ほど休憩してから帰宅するのが一般的となります。

胃カメラ検査の結果説明は検査直後に行う施設もあれば、後日改めて説明を受けるところもあります。