クローン病では、病気そのものを手術で完全に治すことはできませんが、合併症に対して手術が必要になることがあります。たとえば、腸が狭くなって食べ物や便が通りにくくなる狭窄、腸と腸、あるいは腸と他の臓器がつながってしまう瘻孔、膿がたまる膿瘍などが生じた場合には、手術やドレナージなどの処置が必要となることがあります。
また、肛門病変が強い場合には外科的な治療が行われることもあります。
近年は薬物療法の進歩によって手術を回避できるケースも増えていますが、必要なタイミングで適切に外科治療を行うことは、その後の生活の質を守るうえでも重要となります。手術が必要かどうかは病変の場所や重症度によって異なるため、定期的な評価が大切となります。