クローン病の主な症状としては、腹痛や下痢、体重減少が挙げられます。特に腹痛は食後や排便前後に強くなることがあり、慢性的に続く場合もあります。炎症の部位によっては血便がみられることもあるといわれています。
また、発熱や倦怠感、食欲不振などの全身症状を伴うこともあり、炎症が長く続くことで栄養障害や貧血をきたすこともあります。
さらに、クローン病では肛門周囲膿瘍や痔ろう、裂肛などの肛門病変がみられることがあり、これがきっかけで診断に至る場合もあります。
症状の程度には個人差がありますが、軽い不調が続くだけの方もいれば、日常生活に大きな支障をきたす方もおられます。