アニサキス症の診断は、症状の発現時間や食事履歴、腹痛の特徴などをもとに行われます。

胃に寄生している場合は、胃カメラ（上部内視鏡）でアニサキスを直接確認でき、同時に除去することも可能です。

腸に寄生している場合は、CT検査や超音波検査、血液検査などを組み合わせて診断することがあります。

診断が早ければ早いほど、症状の悪化を防ぐことができ、合併症のリスクも減らすことができます。

特に生魚を食べた直後に突然の腹痛が出た場合は、症状の軽重に関わらず速やかに医療機関を受診することが重要です。