胃もたれの治療は、原因に応じて薬物療法と生活習慣の改善を組み合わせて行われます。

薬としては、胃の運動を助ける「消化管運動促進薬」、胃酸の分泌を抑える「プロトンポンプ阻害薬（PPI）」、胃粘膜を保護する「粘膜保護薬」などが使われます。

また、薬物療法だけではなく、脂っこい食事を避ける、よく噛んで食べる、食後にすぐ横にならない、食間を空けすぎないといった食生活の工夫も重要です。

慢性的な胃もたれには、ストレスとの関連もあるため、リラクゼーションや睡眠の質の改善も有効と言われています。